Trường Polytechnique tổ chức nhiều chương trình đào tạo Master bằng cách liên kết với các trường khác như École Normale Supérieure, Université Paris-Sud 11... Đề tài học khá đa dạng trong các ngành khoa học tự nhiên. Chương trình này không đòi hỏi phải tốt nghiệp Polytechnique, cho dù các sinh viên trường được ưu ái trước hết.

Trường cũng có chương trình đào tạo tiến sĩ cho các sinh viên đã có bằng Master hay tương đương.